Nõukogu
Nõukogu on ühtne organ, kuid selle töö korraldusega seotud põhjustel tuleb nõukogu sõltuvalt arutusel olevast teemast kokku erinevates koosseisudes, millest võtavad osa antud valdkonna eest vastutavad liikmesriikide ministrid ja Euroopa Komisjoni volinikud. 1990. aastal oli koosseise 22; 2000. aasta juuni vähendati neid 16-ni ning 2002. aasta juunis 9-ni. Alates Lissaboni lepingu jõustumisest 1. detsembril 2009 on nõukogul kümme koosseisu. Sellegipoolest on vaid üks ühtne nõukogu, kes olenemata nõukogu koosseisust võtab vastu otsuse. See otsus on alati nõukogu otsus ning konkreetset nõukogu koosseisu ei nimetata. Nõukogu asukoht on Brüsselis, kus ta tuleb kokku mitu korda kuus (aprillis, juunis ja oktoobris toimuvad nõukogu istungid Luxembourgis).
Nõukogu otsuseid valmistab üle 150 liikmesriikide esindajatest koosnevat töörühma ja komiteed. Nad lahendavad tehnilisi küsimusi ja edastavad dokumendid alaliste esindajate komiteele (COREPER), mis koosneb liikmesriikide poolt Euroopa Liidu juurde lähetatud suursaadikutest ning mis tagab töö järjepidevuse ja lahendab tehnilis-poliitilisi küsimusi enne dokumendi saatmist nõukogule.
Nõukogu võtab otsused vastu liikmesriikide ministrite hääletuse teel. Hääletamine võib olla kolme liiki sõltuvalt sellest, millistes aluslepingu sätetes kõnealust teemat käsitletakse: lihthäälteenamus (menetlusküsimused), kvalifitseeritud häälteenamus (liikmesriikide rahvaarvul põhinev häältearvestussüsteem, mida kasutatakse mitmete siseturgu, majandusküsimusi ja kaubandust käsitlevate otsuste puhul) ning ühehäälsus (välis- ja kaitsepoliitika, politsei- ja õigusalane koostöö, maksundus).
Valdaval enamikul juhtudel võtab nõukogu otsuse vastu Euroopa Komisjoni ettepaneku alusel ja koostöös Euroopa Parlamendiga, kas kasutades nõuandemenetlust (nt põllumajanduse, politsei- ja õigusalase koostöö ja maksustamise valdkonnas) või kaasotsustusmenetlust (nt siseturu valdkonnas).